Skip to content

Złośliwa transformacja Hymenolepis nana w ludzkim gospodarzu czesc 4

2 miesiące ago

450 words

Próbki nana referencyjnego szczepu użyto do skonstruowania bibliotek do sekwencjonowania i sekwencjonowano je przy użyciu systemu MiSeq (Illumina). Zanieczyszczające ludzkie odczyny były filtrowane przy użyciu CLC Genomics Workbench, wersja 7.0.4 (CLC bio), poprzez mapowanie do referencyjnego ludzkiego genomu (genomowy genom budowy genomu referencyjnego 37). Następnie, pozostałe odczyty z sekwencjonowania (numer NCBI, SRP061937) zostały zmapowane do niezalogowanego genomu referencyjnego szczepu laboratoryjnego H. nana (http://parasite.wormbase.org). Stosunkowo niekompletny zasięg genomu umożliwił jakościową analizę liczby kopii i wariantów strukturalnych.7 Wstawione mutacje wykryto na podstawie pobliskich sekwencji lewego i prawego odczytu z gwałtownymi zmianami w sekwencji (rozszczepione odczyty). Delecje, inwersje i mutacje punktowe nie zostały formalnie zbadane. Geny przewidywano za pomocą homologii z użyciem opisanego genomu H. microstoma. 98,9 Pełne informacje znajdują się w części Metody w dodatkowym dodatku.
Wyniki
Hodowlę komórkową
Próbowano hodowli komórkowej ze świeżej tkanki. Jednakże po 4 tygodniach inkubacji nie nastąpił wzrost.
Identyfikacja molekularna i potwierdzenie
Figura 2. Figura 2. Potwierdzenie zakażenia H. nana. Komórki proliferacyjne znakuje się za pomocą barwienia immunohistochemicznego z zastosowaniem reaktywnej krzyżowo poliklonalnej surowicy odpornościowej przeciwko antygenom Ta 50 solara GP50, pokazanym w Tablicy A, i hybrydyzacji in situ z użyciem sondy rybosomalnej DNA cestode 18S, pokazane w panelu B, z nieobecnością znakowania komórek proliferacyjnych w hybrydyzacji in situ z ludzką sondą Alu, która oznacza otaczające komórki ludzkie, pokazane w panelu C. Skalowanie słupków w panelach A, B , a C odpowiada 50 .m. Panel D pokazuje analizę filogenetyczną sekwencji nukleotydowej 391-bp H. nana COI u pacjenta (KT362138), wraz ze wszystkimi dostępnymi sekwencjami H. nana; pasek skali odpowiada odległości genetycznej 0,02 podstawienia na miejsce.
Przeprowadziliśmy badania Myxogastria i panfungal PCR, próbując dotrzeć do nieznanego eukariota, ale te testy nieoczekiwanie zidentyfikowały H. nana z 99% identycznością sekwencji. Obecność DNA H. nana w próbce została potwierdzona przez PCR i sekwencjonowanie specyficzne dla gatunku cestode- i hymenolepidid. Odkrycia molekularne były zaskakujące, ponieważ nie było rozpoznawalnej architektury tkanki tasiemca; w związku z tym, aby potwierdzić, że komórki pochodzą od tasiemca, przeprowadziliśmy badania immunohistochemiczne i hybrydyzację in situ, które zlokalizowały antygen cedru i znaczniki kwasu nukleinowego (Figura 2A, 2B i 2C).
Analiza filogenetyczna i mitochondrialna DNA
Sekwencję CO1 otrzymaną od pacjenta zgrupowano w obrębie kladu znanych sekwencji H. nana (Figura 2D). Nieoczekiwaną cechą sekwencji pochodzącej od pacjenta była obecność trzech insercji pojedynczych nukleotydów w zakresie 12 bp w wysoce konserwatywnej domenie (NCBI Conserved Domain Database, cd01663) (ryc. S4 w dodatkowym dodatku), która była zgodna z szkodliwą mutacją.
Porównawcza analiza genetyczna
Głębokie sekwencjonowanie próbki od pacjenta wygenerowało 10,2 miliona 150-bitowych odczytów na parach
[podobne: protezy zębowe cennik, badanie optometryczne, omega przychodnia ]

Powiązane tematy z artykułem: badanie optometryczne omega przychodnia protezy zębowe cennik