Skip to content

Kompleksowa charakterystyka molekularna brodawkowego raka nerkowokomórkowego czesc 4

4 tygodnie ago

476 words

Dalsza analiza, przeprowadzona z ograniczeniem testowania wielu hipotez do genów wcześniej związanych z rakiem w zestawie danych PanCan21, 15 zidentyfikowała sześć dodatkowych znacząco zmutowanych genów (FAT1, BAP1, PBRM1, STAG2, NFE2L2 i TP53), z 36% przypadków pokazujących mutacja co najmniej jednego z tych genów (Figura 1B). Mutacja tych znacząco zmutowanych genów nie wykazała subklonalności (Dodatek Dodatek 4). Szlaki modyfikujące hipopotamy i chromatynę
Kilka znacząco zmutowanych genów w brodawkowatym raku nerek jest składnikami dobrze znanych szlaków lub kompleksów związanych z nowotworem, w tym NF2 w szlaku sygnałowym Hippo, SMARCB1 i PBRM1 w kompleksie SWI / SNF i SETD2, KDM6A i BAP1 w kilku szlaki modyfikujące chromatynę. Ocena genów na tych szlakach (dodatek dodatkowy 5) wykazała dużą liczbę mutacji w guzach typu i 2, obejmujących kompleks SWI / SNF (odpowiednio 20% i 27%), szlaki modyfikujące chromatynę (35% i 38% , odpowiednio) i ścieżkę sygnalizacyjną Hippo (odpowiednio 3% i 10%) (Figura 1C).
Fuzje genów TFE3 i TFEB
Fuzje genów obejmujące TFE3 lub TFEB były wcześniej związane z brodawkowym rakiem nerkowokomórkowym (przegląd w Kauffman i wsp. 16). Zidentyfikowaliśmy fuzje genów w 17 nowotworach (10,6%), w tym 8 z TFE3 lub TFEB (dodatek dodatkowy 6). Cztery z fuzji TFE3 dotyczyły znanych partnerów fuzyjnych, PRCC i SFPQ, a 2 dotyczyło nowych partnerów fuzyjnych, RBM10 i DVL2 (Figura 1D). Guzy z fuzjami TFE3 wykazywały różne stopnie zwiększonej ekspresji mRNA dla znanych docelowych transkrypcyjnych TFE3, w tym CTSK, BIRC7, DIAPH1 i HIF1A (Fig. S3 w Dodatkowym dodatku 1). Dwie fuzje TFEB obejmowały nowych partnerów fuzyjnych, COL21A1 i CADM2, z fuzją COL21A1TFEB, co skutkowało konstruktem podobnym do znanego fuzji MALAT1TFEB16 i fuzji TFEBCADM2 skutkującej nowszą skróconą wersją TFEB, która utraciła kilka miejsc wiązania mikroRNA (Figura 1D). . Guzy z fuzjami TFEB wykazały wysoką ekspresję mRNA czynnika transkrypcyjnego TFEB i znanego genu docelowego, CTSK (Fig. S4 w Suplemencie Dodatkowym 1). Siedem fuzji z udziałem TFE3 lub TFEB zostało zidentyfikowanych w guzach typu 2 (7 z 60 [12%]).
Zmiany charakterystyczne dla typów raka brodawkowatego
Mutacja MET w nowotworach typu
Rycina 2. Rycina 2. Zmiany w brodawkowatym raku nerkowokomórkowym z udziałem Onkogenu MET.Panel A jest schematycznym przedstawieniem mutacji somatycznych w MET, wraz z wariantem linii germinalnej H1112R, który był wcześniej związany z dziedzicznym brodawkowym rakiem nerkowokomórkowym, 17 i nowy wariant transkryptu RNA MET bez kanonicznych eksonów i 2, ale zawierający nowy ekson łączący się z egzonem kanonicznym 3. IPT oznacza pektyny, pleksiny i czynniki transkrypcyjne typu immunoglobulinowego, oraz pleksy PSI, semaforyny i integryny. Panel B pokazuje strukturę krystaliczną domeny katalitycznej kinazy tyrozynowej MET (RCSB-PDB 3I5 N18), na której mapowane są reszty, które są zmienione w brodawkowatym raku nerkowokomórkowym. Wszystkie numerowanie aminokwasów opiera się na sekwencjach białka MET.
Znaleźliśmy mutację MET w 17 nowotworach, w tym w mutacjach zarodkowych w 3 nowotworach
[podobne: anatomia palpacyjna, stomatolog poznań, stomatologia cennik ]

Powiązane tematy z artykułem: anatomia palpacyjna stomatolog poznań stomatologia cennik