Skip to content

Kompleksowa charakterystyka molekularna brodawkowego raka nerkowokomórkowego cd

2 miesiące ago

417 words

Wartości P obliczono za pomocą algorytmu MutSigCV, wersja 2.0. Widok zorientowany na szlaki mutacji genowych w PRCC (panel C) pokazuje kluczowe szlaki i geny związane z rakiem, zarówno w obecnym badaniu, jak i gdzie indziej.15 Guzy sklasyfikowano zgodnie z typem histologicznym (od lewej do prawej) i zgodnie z genem lub zmieniona ścieżka (od góry do dołu). Przedstawione szlaki i geny obejmują MET, szlak Hippo (NF2, SAV1 i WWC1), szlak NRF2 (NFE2L2, KEAP1, CUL3, SIRT1 i FH), modyfikację chromatyny (CREBBP, DOTL1, EHMT1 / 2, EP300, EZH1 / 2, KAT2A / B, KDM1A / B, KDM4A / B, KDM5A / B / C, KDM6A / B, MLL1 / 2/3/4/5, NSD1, SETD2, SMYD4 i SRCAP), kompleks SWI / SNF ( ACTB, ACTL6A / B, ARID1A / B, ARID2, BCL6A / B / C, BCL11A / B, BRD7 / 9, DPF1 / 2/3, PHF10, PBRM1, SMARCA2 / 4, SMARCB1, SMARCC1 / 2, SMARCD1 / 2 / 3 i SMARCE1), ssaczego celu szlaku rapamycyny (mTOR) (MTOR, PIK3CA, PTEN, STK11, TSC1 i TSC2) i szlaku p53 (ATM, CDKN1A, CDKN2A, FBXW7, RB1 i TP53). Analiza genu fuzyjnego (panel D) zidentyfikowała fuzje TFE3 lub TFEB w ośmiu nowotworach PRCC, w tym dwóch nowych partnerów fuzyjnych genu dla TFE3 (DVL2 i RBM10) i dwóch nowych partnerów fuzyjnych genów dla TFEB (COL21A1 i CADM2). Schematyczne wersje tych fuzji pokazują egzony i domeny funkcjonalne, które są obecne w różnych fuzjach genów i pozycję potencjalnych miejsc wiązania mikroRNA w TFEB. Zachowane egzony TFE3 lub TFEB są zabarwione na odcienie niebieskiego. Cienkie regiony reprezentują sekwencję niekodującą, grube regiony reprezentują przetłumaczoną ramkę odczytu, a białe paski wskazują, że region nie jest już skalowany. AD oznacza silną domenę aktywującą transkrypcję, domenę helix-helisy helix bHLH, rozszczepioną DIX i domenę aksynu, domenę zsuwni LU leucynowej, domenę interakcji MAD2L2 z niedoborem zatrzymania mitotycznego 2 i motyw rozpoznawczy RNA RRM. Profilowanie zmian liczby kopii somatycznych na podstawie pojedynczego nukleotydu i polimorfizmu ujawniło charakterystyczne wzorce w trzech głównych podgrupach guza. Jedna podgrupa, złożona głównie z nowotworów typu i nowotworów o niższym stopniu złośliwości, została zdefiniowana przez wielokrotne zyski chromosomów (co najmniej jednej kompletnej kopii chromosomu), w tym niemal uniwersalny przyrost chromosomów 7 i 17 oraz rzadszy przyrost chromosomów 2, 3 12, 16 i 20 (ryc. 1A i ryc. S2 w dodatkowym dodatku 1). Pozostałe dwie podgrupy były w przeważającej mierze nowotworami typu 2; chociaż jedna z tych podgrup miała niewielką liczbę zmian liczby kopii, druga charakteryzowała się wysokim stopniem aneuploidii z wieloma stratami chromosomowymi, w tym częstą utratą chromosomu 9p i wiązała się z gorszym przeżyciem (p <0,001) (wykres 1A, i Rys. S2 w Uzupełniającym dodatku 1).
Sekwencjonowanie całego egzamu
Sekwencjonowanie w całym eksonie zidentyfikowało 10,380 domniemanych mutacji somatycznych w 157 nowotworach ze średnią 1,45 niejonowymi mutacjami na megabazę (patrz sekcja Procedury eksperymentalne w Dodatku 1). Początkowy ekran dla znacząco zmutowanych genów o wartościach q mniejszych niż 0,1 (wartości q mieści się w zakresie od 0,0 do 1,0), przy użyciu MutSigCV, wersja 2.0, zidentyfikował pięć takich genów (MET, SETD2, NF2, KDM6A i SMARCB1), które były nawracająco zmutowane w brodawkowatym raku nerkowokomórkowym, co stanowi 24% przypadków (ryc. 1B)
[patrz też: chirurgiczne usuwanie ósemek, stomatolog zielona góra, stomatolog poznań ]

Powiązane tematy z artykułem: chirurgiczne usuwanie ósemek stomatolog poznań stomatolog zielona góra